因数码兽而异的战略！
战斗的基础
战斗以配合数码兽的敏捷和技能，攻击顺序一前一后的「行动回合制」进行。画面右方的「时间轴」可以确认数码兽的行动顺序。普通攻击「Attack」和消耗SP的「技能（Skill）」等，使用这些指令组合攻击进行战斗。可以让对手「晕厥」行动顺序会延迟，通过「打断」行动让战局向有利方向进行。
数码兽的种族和属性
数码兽有「种族」和「属性」之分，各自相生相克，选择将要攻击的敌方数码兽时所显示的「目标连接」中红色表示有利蓝色则表示不利。要考虑相性再选择攻击对手。
「种族」分为「病毒」「疫苗」「数据」「自由」四种。攻击有利的种族时伤害会加深，不利的种族时伤害会减半。「属性」分为「水」「火」「草木」、「地面」「电气」「风」、「光」「暗」、「无」九种。每个数码兽和技能都有不同的属性，攻击有利的属性时伤害会加深。看透相性再选择攻击对手和技能吧。
以交错连击决一胜负
使用普通攻击和技能时，在时间轴上我方两个数码兽连续进行攻击就会触发「交错连击（Cross Combo）」。交错连击触发后伙伴数码兽会支援，攻击和技能效果也会威力增强。连击触发概率显示在时间轴上的「连击槽（Combo Gage）」。槽值通过反复攻击积蓄，槽数越多连击触发率越高。连击触发后，槽值归为0。数码兽各自的友情参数越高，连击触发率越高，因此要主动回答数码Line，在数码农场喂食饵等加深数码兽的友情。
黑客间冲突的压制战！
黑客组织间的集团战！压制战！
所谓「压制战」是指黑客组织之间抗争，为了争夺网络服务器的领域支配权而互相战斗，通过压制战展开的特殊战斗。
将黑客组织的成员以单位进行操作，可以享受与普通战斗不同的以支配领域为目的的策略战。
进军网络，占据「区域」！
压制战中分为我方组织和敌方组织，在模拟网络上盘面的区域中交互进行。战斗开始前所有区域均为中立状态，角色所停留的区域就会变化为其组织色（蓝色或红色），根据占据的区域获得「占据点数」。
停在敌方组织颜色的区域，会替换为我方组织的颜色。这时区域所持点数也会转移。率先获得一定点数的组织获胜。
与敌方组织战斗，夺取「区域」！
进入到敌方组织所在的区域，会触发特殊规则的倒计时战斗。
虽然跟普通战斗一样，但进入到区域的组织成员必定先手攻击，两组织的数码兽全体各行动一次后战斗结束。
战斗结果分为两种，双方均有剩余HP，则进攻组织的棋子回到原来区域。全灭组织的棋子则以HP/SP全回复的状态回到起点再次开始。
地盘争夺任务！
巡游电子空间区域，黑客组织间的地盘争夺战一触即发！
电子空间的下层区域是黑客们聚集的蛮横地带！黑客们拉帮结派，各种黑客组织想扩大自己的地盘就在电子空间安置组织徽章互相主张是自己的地盘！将敌对组织的徽章替换成自家的徽章就可以扩大自家的地盘了！
与伙伴（Guest Character）一起在迷宫内探索徽章！
从BBS接受任务，选择想要带去的同伴。在迷宫散布着敌对黑客组织的徽章，去把它们替换成Hudie的徽章就行了。
不让徽章被替换掉将地盘的黑客扫光！
徽章有时会被敌对黑客组织夺回。委托伙伴协助，守住自己的徽章、通过打败迷宫中的敌对黑客可以让徽章难以被夺回。迷宫深处有敌对组织的首领，通过徽章压制让首领弱化并击败他！成为自己地盘的迷宫，在战斗中会有各种支援效果！
与伙伴触发事件！
带上伙伴完成「地盘争夺任务」可以增加与同伴的亲密度，委托完成时「好感度」达到一定值时会触发「好感度事件」，可获得道具、发生特殊对话。根据对话选项的不同，获得的道具也会发生变化。